Tauschen der Fenster
Standardmäßig wird bei Öffnung dreier Dateien für den Vergleich die Datei im mittleren Fenster als die "gemeinsame Vorgängerdatei" oder Basisdatei (d.h. die Datei, in der die Änderungen aus zwei Quelldateien zusammengeführt werden sollen) behandelt. Wenn wir das vorherige Beispiel verwenden, so muss die gemeinsame Vorgängerdatei von Bobs und Alices Version im mittleren Fenster geöffnet werden. Dadurch können Sie die Änderungen aus der rechten und linken Datei in dieser zusammenführen.
Sie können die Fenster bei Bedarf jedoch auch tauschen. So können Sie z.B. beschließen, das Sie die Version von Alice beibehalten möchten. In diesem Fall können Sie die Version von Alice mit der Basisdatei vertauschen (sodass nun die Datei von Alice im mittleren Fenster angezeigt wird). Auf diese Art können Sie Unterschiede sowohl aus der Basisdatei als auch aus der Datei von Bob in der Datei von Alice zusammenführen. Die Dateien müssen eventuell auch vertauscht werden, wenn Sie die drei Dateien durch Rechtsklick über den Windows Explorer geöffnet haben.
So tauschen Sie die Fenster:
1.Klicken Sie in der Symbolleiste 3-Weg-Vergleich auf die Schaltfläche Dokumentreihenfolge ändern 
. Daraufhin wird ein Dialogfeld angezeigt.
2.Wählen Sie neben jeder Datei das gewünschte Fenster (Mitte, rechts, links) und klicken sie auf OK.