Navigieren in und Zusammenführen von Unterschieden in Drei-Weg-Vergleichen
Bei Drei-Weg-Vergleichen können Sie auf ähnliche Weise wie bei Zwei-Weg-Vergleichen über das Menü Vergleichen und Zusammenführen und die Symbolleiste zwischen den Unterschieden zwischen den drei Fenstern navigieren. So können Sie z.B. mit dem Befehl Nächster Unterschied (Alt+nach unten) 
zum nächsten Unterschied und mit Vorheriger Unterschied (Alt+nach oben) 
zum vorherigen Unterschied springen, siehe auch Navigieren zwischen den Unterschieden.
Im Gegensatz zu Zwei-Weg-Vergleichen kann es bei Drei-Weg-Vergleichen zu Konflikten kommen. Außerdem sind dafür spezielle Befehle zum Zusammenführen erforderlich (z.B. um eine Änderung vom linken ins mittlere Fenster oder vom mittleren ins rechte Fenster zu kopieren). Alle Drei-Weg-vergleichsspezifischen Befehle stehen in der Symbolleiste "3-Weg-Vergleich" zur Verfügung. Diese Symbolleiste wird automatisch angezeigt, wenn Sie zu einem 3-Weg-Vergleich wechseln. Sie können diese Symbolleiste auch explizit über Extras | Anpassen | Register Symbolleisten ein- bzw. ausblenden.
Symbolleiste "3-Weg-Vergleich"
Die Symbolleiste "3-Weg-Vergleich" enthält die folgenden Befehle:
 | Vorheriger Konflikt | Geht zum vorherigen Konflikt. |
 | Nächster Konflikt | Geht zum nächsten Konflikt. |
 | Von links in die Mitte kopieren | Kopiert die aktuelle Änderung vom linken Fenster in das mittlere Fenster (Zusammenführung). |
 | Von der Mitte nach links kopieren | Kopiert die aktuelle Änderung vom mittleren Fenster in das linke Fenster (Zusammenführung). |
 | Von der Mitte nach rechts kopieren | Kopiert die aktuelle Änderung vom mittleren Fenster in das rechte Fenster (Zusammenführung). |
 | Von rechts in die Mitte kopieren | Kopiert die aktuelle Änderung vom rechten Fenster in das mittlere Fenster (Zusammenführung). |
 | Dokumentreihenfolge ändern (Fenster tauschen) | Damit können Sie das linke oder rechte Fenster mit dem mittleren vertauschen, siehe Tauschen der Fenster. |
Beachten Sie die folgenden Punkte:
•Die obigen Befehle sind nur aktiv, wenn Sie für den aktuellen Unterschied oder Konflikt von Belang sind. So sind z.B. die Befehle " Von links in die Mitte kopieren" und "Von der Mitte nach rechts kopieren" deaktiviert, wenn der aktuelle Unterschied zwischen dem mittleren und dem rechten Fenster besteht (nicht aber dem linken).
Weitere Befehle, die im Zusammenhang mit Drei-Weg-Zusammenführungen genauso wie für Zwei-Weg-Zusammenführungen verwendet werden können:
•Um eine Zusammenführung rückgängig zu machen, klicken Sie zuerst in das Fenster, in dem Sie die Änderung rückgängig machen möchten und starten Sie dann den Befehl Bearbeiten | Rückgängig (der drücken Sie Strg + Z). Dasselbe gilt für den Menübefehl Bearbeiten | Wiederherstellen (und das dazugehörige Tastenkürzel Strg+Y).
•Um in DiffDog gemachte Zusammenführungen in einer Datei zu speichern, klicken Sie in der rechten oberen Ecke des jeweiligen Fensters auf die Symbolleisten-Schaltfläche Speichern 
oder Speichern unter 
. Um den Inhalt der Datei von der Festplatte erneut zu laden (sodass alle nicht gespeicherten Änderungen in DiffDog verloren gehen), klicken Sie auf Aktualisieren 
). Siehe auch Bearbeiten von Dateien und Speichern von Dateien.
•Unterschiede, die bei Drei-Weg-Vergleichen gefunden werden, können in eine XML- oder Textdatei exportiert werden, siehe Unterschiede exportieren.